Ha estat un any des del fracàs de la Rebel·lió Negra i la suposada mort de Zero. Un estudiant de l'escola preparatòria, Lelouch, aliè al seu passat com un rebel anomenat Zero, se troba amb una misteriosa dona coneguda com C.C.; que li revela la seua fi i son veritable jo oblidat. Lelouch haurà de reconèixer-se a si mateix una volta més, com Zero, i així poder acabar el que va començar.